Voor waterschappen biedt Aquifer de volgende diensten:
Evalueren
Aquifer zorgt voor de bedrijfskundige en technologische evaluatie van projecten. Aquifer heeft voor waterschappen haalbaarheidsstudies uitgevoerd, strategische plannen opgesteld, projecten geëvalueerd en zuiveringsprocessen in kaart gebracht en geoptimaliseerd. Aquifer kan u ook adviseren bij de optimalisatie van de energiehuishouding. Dit kan door het uitvoeren van energiebesparingsonderzoek of door een verbeterde afstemming tussen de slibgisting en de elektriciteitsopwekking.
Vergunningen
Aquifer adviseert bij vergunningen zoals in het kader van de Wet milieubeheer en de Wet verontreiniging oppervlaktewater. Aquifer heeft de IPPC-toets uitgevoerd voor diverse rwzi’s.
Aanbesteden
Aquifer adviseert bij (Europese) aanbestedingstrajecten. Wij hebben ervaring met de voorbereiding en uitvoering van aanbesteding van advies, slibtransport, slibverwerking en chemicaliën. Aquifer kan u ook adviseren bij de aanbesteding in de vorm van een bouwteam.
Samenwerken
Wij adviseren partijen die op basis van gelijkwaardigheid winst door samenwerking willen behalen. Wij begeleiden de gesprekken, leggen uitgangspunten vast en zorgen voor het opstellen van overeenkomsten. Wij hebben ervaring met de samenwerking van waterschappen met gemeenten, industrie en leveranciers.
diensten 
